GelRed核酸染料無論用于預制凝膠染色還是凝膠電泳后染色,都表現(xiàn)出了*的靈敏度。為配合 312 nm UV 凝膠成像系統(tǒng)而設計的 GelRed ,在使用了我們新開發(fā)的具有的試驗步驟后(該試驗步驟中使用稀釋的 NaCl 溶液替代傳統(tǒng)的 TBE 緩沖溶液),在凝膠電泳后染色中優(yōu)于或者至少相當于 SYBR Gold 。但與 SYBR Gold 不同, GelRed核酸染料在預制凝膠中使用時仍然有*的靈敏度,事實上GelRed 在檢測低濃度、微量 DNA 方面比 EB 表現(xiàn)出更高的靈敏度,尤其對小分子量的 DNA 檢測非常靈敏。
GelRed核酸染料可以滿足使用 488 nm 激光凝膠掃描儀或者可見光激發(fā)的 Dark Reader 的研究人員的使用要求。 GelGreen 無論是在預制凝膠還是凝膠電泳后染色中都與 SYBR Green I 靈敏度相當,但不存在后者的不穩(wěn)定性問題。實際上, GelRed核酸染料,特別是 GelRed 非常穩(wěn)定,可以長期在室溫下保存。當這兩種染料稀釋在 TBE 或者類似的電泳緩沖溶液中時甚至可以使用微波爐加熱,便于采用常規(guī)方法制備預制凝膠。含有染料的預制凝膠可以成批制備,長期保存。
同樣重要的是, GelRed核酸染料相比 EB 或 SYBR Green I 提高了安全性。 獨立的測試服務公司( Litron Laboratories, Inc. )進行的標準艾姆斯氏測試結(jié)果表明, 在 18.5 μ g /mL (該濃度遠高于推薦用于電泳后染色的 約 4 μ g/mL 的 3X 染色液 )濃度下, GelGreen 沒有誘變性,而 GelRed 也僅在 S9 代謝活化時有微弱的誘變性。 GelRed 和 GelGreen 的特殊化學結(jié)構(gòu)使其難以穿透細胞膜進入細胞,正是這一特性降低了染料的細胞毒性。相反, SYBR Green I 廣泛地用于活細胞線粒體和核 DNA 染色,這正是由于它能快速的被細胞吞入。由于已知 SYBR Green I 對紫外線導致的突變有強烈的增強作用,因此它的高細胞膜透性使它在紫外環(huán)境觀察時成為凝膠染色的主要有害物質(zhì)。
GelRed核酸染料的使用方法
將100ml瓊脂糖凝膠溶液(濃度一般為0.8%~2%)在微波爐中融化。
加入5-10µl GelRed核酸染料(如果背景過高可以適當減少用量,如果敏感度過低,可以適當增加用量),輕輕搖勻,避免產(chǎn)生氣泡。
冷卻至不燙手時倒膠,待瓊脂糖凝膠*凝固后上樣電泳。
電泳完畢在紫外燈下觀察。若使用數(shù)碼相機照像記錄,則關閉相機的閃光燈,放在自動檔即可;若使用凝膠成像系統(tǒng)照相,通過調(diào)節(jié)光圈、曝光時間,選擇合適的濾光片,可得到成像清晰、背景較低的照片。
GelRed核酸染料使用時的注意事項
1. 膠厚度不宜超過0.5cm,膠太厚會影響檢測的靈敏度。加入GoldenView的瓊脂糖凝膠反復融化可能會對核酸檢測的靈敏度產(chǎn)生一定影響,但不明顯。通過凝膠電泳回收DNA片段時,建議使用GelRed核酸染料染色,在自然光下切割DNA條帶,避免紫外線與EB對目的DNA產(chǎn)生的損傷,可明顯提高克隆、轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)錄等分子生物學下游操作的效率。
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